Also rein theoretisch ein kleiner Tipp

Normalerweise kannst Du getrennte Warenkörbe auf false lassen, änderst aber folgende Sachen ab:
1. Kasse Link aus der Navigation rausnehmen oder auf Warenkorb verlinken
2. Die Links die im Warenkorb sind, so ändern dass nicht die aktuelle ShopUrl genommen wird, sondern die der Eigentümers. Somit würde der Link des Kasse Buttons auf den richtigen Shop verweisen, woher die Artikelstammen und dem Checkout würde nichts im Wege stehen